Sự khác nhau giữa trẻ sinh mổ và sinh thường liên quan đến chủng khuẩn đường ruột 

Đây là kết quả của một nghiên cứu lớn nhất từ trước đến nay về hệ vi sinh ở trẻ sơ sinh. Những nghiên cứu trước đây cho thấy những đứa trẻ sinh mổ thường thiếu một số loại vi khuẩn được truyền sang từ mẹ như những trẻ sinh thường.

Kết quả những quan sát này dẫn đến một hành động là cha mẹ lau trẻ sinh mổ với dịch âm đạo của mẹ nhằm mục đích cung cấp những loại vi khuẩn bị thiếu.

Tuy nhiên, cách thực hành được ví von là gieo mầm từ âm đạo này vẫn còn bị tranh cãi vì tính hiệu quả và an toàn chưa được kiểm chứng.

Nghiên cứu được thực hiện tại Anh bằng cách phân tích chuỗi ADN của các vi khuẩn trong phân của 596 trẻ sơ sinh, trong đó có 314 trẻ sinh thường và 282 trẻ sinh mổ vào ngày 4, 7 và 21 sau sinh.

Những trẻ sinh mổ thiếu các chủng khuẩn hội sinh, thường thấy ở người khỏe mạnh và được ghi nhận ở trẻ sinh thường. Thay vào đó, trẻ sinh mổ có nhiều chủng khuẩn cơ hội như Enterococcus và Klebsiella, là những chủng thường lưu hành trong bệnh viện.

Vài tháng sau sinh, các chủng khuẩn ở các trẻ phát triển tương tự nhau, ngoại trừ một loại vi khuẩn hội sinh phổ biến là Bacteroides không có hoặc có rất ít ở những trẻ sinh mổ. Trung bình sau 9 tháng, khoảng 60% trẻ không có hoặc có rất ít Bacteroides trong ruột.

Nhiều nghiên cứu trước đây cho thấy một số dòng vi khuẩn Bacteroides ảnh hưởng trên hệ miễn dịch của vật chủ và giúp cơ thể ức chế tình trạng viêm.

Các nghiên cứu dịch tễ học ghi nhận trẻ sinh mổ tăng nguy cơ hen suyễn và béo phì về sau.

Những yếu tố góp phần ảnh hưởng của phương pháp sinh lên hệ vi sinh như bà mẹ dùng kháng sinh có thể đi qua hàng rào nhau thai. Trẻ sơ sinh có khuynh hướng nằm viện lâu hơn và được bú sữa mẹ có chứa vi sinh muộn hơn.